À la suite de la chute de la dictature du Commodore en 1963 et avec la naissance de la troisième république, le secrétariat a été profondément réformé pour supprimer l’opacité derrière l’agence et la placer sous le contrôle d’un gouvernement civil et de l’assemblée citoyenne, à travers sa commission à la sécurité intérieure chargée de constituer un garde‑fou contre la toute‑puissance et le culte du secret qui régnaient au sein du secrétariat et des différentes agences qui la compose.
Avec la Home Security Act, adoptée à la suite de l’affaire des *** sous la présidence de Gabriel Dessureault (1987‑1991), le pouvoir du gouvernement civil, dont celui de l’assemblée citoyenne, a été considérablement augmenté sur l’institution et son indépendance , bien que jamais véritablement remise en cause, a toutefois été amoindrie. Depuis cette loi, le secrétaire d’état à la sécurité intérieure est nommé par le président de la république, obligatoirement parmi un membre soit du bureau du conseil d’administration du secrétariat, soit des membres de l’assemblée citoyenne, qui le confirme ensuite. De plus, lorsqu’il est nommé à son poste, il est impossible de le limoger par le premier ministre ou la présidence : seule l’assemblée citoyenne peut le destituer, tout ceci dans l’optique d’assurer l’indépendance de l’agence vis‑à‑vis du pouvoir exécutif et d’éviter qu’elle ne devienne un organe partisan poursuivant l’intérêt du gouvernement en place. Enfin, le secrétariat doit rendre compte à la commission de la sécurité intérieure de l’assemblée citoyenne de l’ensemble de ses missions.
Le secrétaire d’état à la sécurité intérieure est actuellement Jo Gordon. Il est chargé de l’administration du secrétariat, de la gestion des services et de la liaison entre les différentes agences qui constituent la « communauté du renseignement » avec le pouvoir civil : exécutif et législatif.
