L'État-major à Messalie concerne tout le commandement des Forces armées : marine, armée de terre incluant la gendarmerie, armée de l'air. Il n'existe pas à ce jour de commandement dédié à l'espace. Il est composé de militaires d'active, des plus hauts gradés nommés au Conseil d'État-major sur décision du Premier-Directeur et sur contreseing du Président du Conseil d'Administration (article 5 de la Constitution). L'État-major est lié au Directoire (il peut exister un directeur à la Défense) mais c'est le Premier-Directeur qui est le chef des armées. L'État-major est présidé par un chef d'État-major, qui est un militaire chargé de définir les activités des Forces armées pour répondre aux objectifs fixés par le pouvoir politique. L'actuelle cheffe d'État-major auprès du Premier-Directeur est l'Amirale Artémis Vapottès.
L'État-major de Messalie résume l'ensemble des forces de défense de la République messaliote. Il administre les bases militaires, recense les équipements militaires, affecte les troupes et définit l'organisation des armées. Les documents de l'état-major sont classés secret-défense. Ils ne sont accessibles qu'au Premier-Directeur et au chef-d'État-major, ainsi qu'à certains gradés qui auraient à en connaître. Ils comportent également les activités d'espionnage et contre-espionnage, ainsi que des plans d'opération.
Il n'existe pas d'armes à Messalie en-dehors de celles possédées par les personnels des Forces armées, l'ensemble des équipements de l'atlas s'y rapportent.
Accessible seulement au Premier-Directeur :
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